Młyny Rothera znajdują się w środkowej części Wyspy Młyńskiej w Bydgoszczy, bezpośrednio sąsiadując z nurtem rzeki. Od północy otacza je Brda, a od zachodu kanał zbożowy.


Wyspa położona jest pomiędzy głównym nurtem rzeki Brdy a jej odnogą Młynówką, na zachód od Starego Rynku i centrum miasta. Przebiega przez nią tylko jeden trakt: ul. Mennica, której nazwa wywodzi się od mennicy bydgoskiej działającej od 1594 do 1688 r., rozebranej w XIX wieku. Ulica łączy się ze Starym Rynkiem uliczką Ku Młynom, a jej przedłużeniem do ul. Focha jest ul. Tamka, biegnąca po grobli łączącej Wyspę Młyńską ze Śluzą Miejską.