Opactwo, usytuowane na wapiennym wzgórzu nad Wisłą, ufundował najprawdopodobniej Kazimierz I Odnowiciel w 1044 r. Działo się to po kryzysie młodego państwa, wywołanym pogańskim buntem i czeskim najazdem. Benedyktyni mieli wspierać odbudowę państwa i Kościoła. Pierwszym opatem został Aaron. Część badaczy uważa natomiast, iż opactwo tynieckie dla benedyktynów obecnych wcześniej w Krakowie ufundował dopiero syn Kazimierza Odnowiciela, Bolesław II Szczodry.