Na tyłach bazyliki znajduje się okazały renesansowy klasztor – jedyna tego typu budowla w północno-wschodniej Polsce. Obecnie w jego zabytkowych murach mieszczą się sale wystawowe, Galeria „Zapiecek”, Muzeum Diecezjalne oraz sala etnograficzna, a na klasztornym wirydarzu - odbywają koncerty. Na przestrzeni wieków wiele znanych osób związało z nim swoje losy. Nadal jest on miejscem ważnym dla Polaków i Litwinów.
Do budowy klasztoru dominikanie przystąpili po wzniesieniu świątyni. Prace przy nim zakończono w 1706 roku. Swym wyglądem klasztor nawiązuje do czworobocznej fortecy z czterema narożnymi wieżami i dziedzińcem (wirydarzem) pośrodku.
https://www.muzeum.sejny.pl/s/historia-klasztoru