W latach 1876-1880 urządzono według projektu Teofila Żebrawskiego w podziemiach kościoła narodowy panteon w postaci Krypty Zasłużonych, w której spoczęły znamienite postacie polskiej kultury i nauki.
Tu spoczywają :
Wincenty Pol, poeta (w 1881)
Lucjan Siemieński, poeta (w 1881)
Józef Ignacy Kraszewski, pisarz (w 1887)
Teofil Lenartowicz, poeta (w 1893)
Adam Asnyk, poeta (w 1897)
Henryk Siemiradzki, malarz (w 1903)
Stanisław Wyspiański, malarz i poeta (w 1907)
Jacek Malczewski, malarz (w 1929)
Karol Szymanowski, muzyk (w 1937)
Ludwik Solski, aktor (w 1954)
Tadeusz Banachiewicz, matematyk i astronom (w 1955)
Czesław Miłosz, poeta (w 2004)