W 1457 roku, w czasie wojny trzynastoletniej, zamek przejął król Kazimierz Jagiellończyk. Przez ponad trzy stulecia zamek pełnił ważne funkcje gospodarcze i polityczne, był arsenałem Rzeczypospolitej, rezydencją władców polskich i siedzibą starostów malborskich, tu również czynna była mennica królewska. W czasie wojen polsko-szwedzkich zamek pełnił funkcję militarną, ale obecność wojsk niekorzystnie wpłynęła na budowlę. U schyłku XIX wieku przystąpiono do odbudowy i rekonstrukcji zamku - prace te prowadził młody i utalentowany Konrad Steinbrecht.