Zabrano złote i srebrne przedmioty liturgiczne, carskie wrota, ikony, kadzielnice, świeczniki, szaty i księgi liturgiczne. Pozłocony ikonostas, po zdarciu złota, spalono. We wrześniu 1941, według świadectw byłego dyrektora sofijskiego muzeum, Oleksego Powstenki, władze próbowały zaminować sobór i wysadzić go w powietrze. Nie zdążyli zrobić tego przed przyjściem wojsk niemieckich. Saperzy niemieccy oczyścili obiekt. W 1943 r. podczas niemieckiej okupacji Kijowa rozgrabiono eksponaty soboru-muzeum, część cennych ikon i archiwum fotograficznego wywieziono do Niemiec. Późniejsza propaganda starannie otaczała milczeniem niszczycielskie działania władzy radzieckiej.