Kościół św. Jana Pawła II – rzymskokatolicki kościół znajdujący się w południowej części Krakowa, w Jugowicach, w Dzielnicy IX przy ul. Totus Tuus, 750 m na południe od Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach. Jest jedną z budowli Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”. Obrzęd pobłogosławienia kościoła odbył się 23 czerwca 2013, a uroczyste poświęcenie świątyni nastąpiło 16 października 2016. Obu obrzędów dokonał metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz.

Kościół zbudowany jest na planie ośmiokąta i stylem nawiązuje do bizantyńskich kościołów Rawenny np. kościoła św. Witalisa. Projektował go Andrzej Mikulski. Ma dwa poziomy: Kościół relikwii (kościół dolny) oraz kościół górny. Obok kościoła zbudowano wieżę widokową.