Uchwałę o budowie w Harmężach domu zakonnego i urządzenia w nim Centrum św. Maksymiliana powzięła Kapituła Prowincjalna w roku 1989. Po przeprowadzeniu koniecznych adaptacji w domu murowanym, we wrześniu 1989 r. zamieszkało w nim trzech franciszkanów. Natomiast drewniany dom przerobiono na prowizoryczną kaplicę, która 10 listopada 1989 roku została poświęcona przez bpa Kazimierza Górnego. 17 lutego 1990 roku w Harmężach został erygowany klasztor pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP, a w sierpniu tego samego roku poświęcono krzyż i plac pod budowę kościoła. W dniu 12 października 1990 roku kard. F. Macharski wydał dekret o erygowaniu z dniem 20 października 1990 roku parafii pod wezwaniem Matki Bożej Niepokalanej w Harmężach i powierzenia na stałe Zakonowi Franciszkanów.

Prace przy budowie dwupoziomowego kościoła rozpoczęto 3 września 1990 roku i doprowadzono do stanu, który umożliwił na Boże Narodzenie 1990 roku odprawienie Pasterki.