W mogilskim kościele było pochowanych około 100 przedstawicieli rodziny Odrowążów, ale do naszych czasów dotrwały jedynie szczątki 17 płyt nagrobnych, które znajdują się obecnie na krużgankach.
W Mogile był też pochowany biskup krakowski Jan Muskata. Jego zniszczony pożarem brązowy nagrobek został w 1743 r. sprzedany przez mnichów na złom.
Podczas ostatniej konserwacji krużganków odsłonięto i w pełni zrekonstruowano polichromię Stanisława Samostrzelnika oraz 24-godzinna tarczę najstarszego w Polsce zegara mechanicznego pochodzącego z XIII w.
Obecny gotycki wygląd wnętrza kościoła w Mogile to wynik konserwacji z dwudziestego wieku, podczas której usunięto większość stal z nawy głównej oraz ołtarze w prezbiterium, transepcie i przy filarach.