Śląski Ogród Botaniczny podzielony jest na pięć pracowni: Pracownię Kolekcji Roślin Ozdobnych, Pracownię Kolekcji Naukowych i Zachowawczych, Pracownię Kolekcji Siedliskowych, Pracownię Edukacji Ekologicznej i Przyrodniczej, Pracownię Studiów nad Systemami Adaptacyjnymi. W strukturze placówki możemy też wyodrębnić Ogród Nauki, Ogród Kształcenia i Ogród Kolekcji. Ogród Kolekcji (działają tu Pracownie Kolekcji Naukowych, Zachowawczych, Roślin Ozdobnych oraz Siedliskowych) skupia się przede wszystkim na uprawie roślin wybranych gatunków, ochronie różnorodności biologicznej oraz czynnej ochronie gatunków roślin zagrożonych i rzadkich zbiorowisk roślinnych. Działa tu również bank nasion. Wśród kolekcji Ogrodu możemy wyróżnić: Kolekcję Sadowniczą tradycyjnych odmian drzew owocowych (jabłonie, wiśnie, grusze i śliwy), Kolekcję Edukacyjną Roślin Energetycznych (m.in. wierzby, proso rózgowe, słonecznik bulwiasty, róża bezkolcowa) oraz Kolekcję Roślin Ozdobnych.