Kościół był wiele razy przebudowywany. Pierwszy raz kapitalnego remontu dokonano już w XVI wieku, potem w okresie baroku świątynię wyposażono w nowe ołtarze. W połowie 1790 roku biskup Ignacy Krasicki nadał kościołowi dwa nowe tytuły: św. Jana Ewangelisty i św. Apostołów Piotra i Pawła. Następnie w XIX wieku ówczesny proboszcz Józef Jordan doprowadził do rozbudowy kościoła. Wzmocnił fundamenty i ściany. Obecny kształt krzyża rzymskiego w miejsce dawnego prostokąta przybrała świątynia bezpośrednio po objawieniach, kiedy proboszczem był Augustyn Weichsel. Wtedy też rozebrano drewnianą wieżę i została wzniesiona murowana z cegły ze zwieńczeniem gotyckim. Dach kościoła pokryto dachówką, a wieżę – blachą.
Od 13.VIII.1945 roku, kustoszami sanktuarium gietrzwałdzkiego są kanonicy Regularni Laterańscy z Krakowa. Za ich sprawą odnowiono obejście kościoła, a przed uroczystościami stulecia objawień Matki Bożej generalnie odnowiono wnętrze świątyni m. in. umieszczono nową posadzkę marmurową i przywrócono dawny blask polichromii.
Rozbudowa kościoła w Gietrzwałdzie prowadzona była zawsze z rozwagą, bez naruszenia osobliwego charakteru tej świątyni. Chociaż znacznie powiększono jej powierzchnię, to jednak został zachowany spokojny i regularny układ. Nie naruszono w niczym wyposażenia. Stare obrazy i malowidła odnowione sprzyjają przybywającym pielgrzymom w modlitwie i zadumie. Panuje tu autentyczna skromność. Nad wszystkim rozpościera się obraz Matki Boskiej Gietrzwałdzkiej w formie Madonny Piastunki, podtrzymującej w ręku dziecię Jezus, ubranej w srebrnej sukience. Pierwsza wzmianka o tym obrazie pochodzi z 1568 roku. Potem był wielokrotnie odnawiany. Dzieciątko błogosławi prawą ręką, a lewą rękę opiera na księdze, nad koroną Madonny dwaj Aniołowie podtrzymują wstęgę z łacińskim napisem: „Bądź pozdrowiona, Królowo nieba, bądź pozdrowiona, Pani Anielska”.
https://www.gietrzwald.3c.pl/CM/content.php/o_sanktuarium/historia