Trzy krzyże przetrwały do 30 maja 1950 r., kiedy zostały wysadzone w powietrze. Część ruin wywieziono, większe fragmenty zakopano.
W 1989 r. społeczeństwo Litwy postanowiło odbudować krzyże jako pomnik ofiar stalinizmu na Litwie. Odbudowany w ciągu 14 dni pomnik Trzech Krzyży odsłonięto 14 czerwca 1989 r., a poświęcił go kardynał Vincentas Sladkevičius. Część odkopanych resztek dawnych krzyży zamurowano w fundamentach, część widoczna jest poniżej pomnika. Nowe krzyże są takie same jak pomnik Wiwulskiego, tylko o 1,8 m wyższe. Obecnie Góra Trzech Krzyży znajduje się w obrębie parku Górnego