Druga wojna światowa i okupacja (1939-1944) to okres funkcjonowania więzienia hitlerowskiego, przez które przeszło 40.000 osób, głównie członków ruchu oporu. Duża część więzionych zginęła w egzekucjach i obozach śmierci. 22 lipca 1944 r., przed opuszczeniem Lublina, hitlerowcy dokonali masowego mordu 300 więźniów zamku.
Po wyzwoleniu spod okupacji hitlerowskiej, w sierpniu 1944 roku, zorganizowano na zamku polityczne więzienie karno-śledcze, podległe władzom sowieckim, a następnie Urzędowi Bezpieczeństwa Publicznego. W latach 1944-1954 więziono tu około 35.000 Polaków, przeciwstawiających się komunistycznemu zniewoleniu. Spośród 515 wydanych wyroków śmierci życie straciło 333 osoby.