Radio funkcjonuje jako kościelna osoba prawna należąca do Kościoła rzymskokatolickiego; posiadaczem koncesji jest zakon katolicki – Zgromadzenie Najświętszego Odkupiciela , podlegający kanonicznie papieżowi. Dyrektorem Radia jest ojciec Tadeusz Rydzyk. W dokumentach przedstawionych KRRiTV o. Rydzyk figuruje jako "jednoosobowy organ nadzorczy, jednoosobowy organ zarządzający i jednoosobowy organ kontrolny" Radia Maryja.
Radio Maryja ma koncesję ogólnopolską ważną do roku 2018.