Modrzewiowy kościółek św. Anny znajduje się na wyniosłym wzgórzu, na którym usytuowano też cmentarz. Jest to najstarsza budowla Nowego Targu. Budowla ta przypominając gotyckie, drewniane kościółki z Dębna czy Łopusznej datowana jest na II połowę XV wieku. Kościółek istniał tu jednak dużo wcześniej. Sam Jan Długosz w swej Kronice wspomina, że pierwszy kościółek zbudowano w roku 1219. Potwierdzać taką tezę miałaby też znajdująca się wewnątrz kościoła belka tęczowa z wyrytą datą 1219. Jest to jednak wiadomość niesprawdzona. Kościółek św. Anny ma swoje tajemnice i legendy. Według jednej z nich świątynię mieli postawić zbójnicy, którzy znaleźli w ziemi obraz św. Anny, który kazał im za zrabowane pieniądze zbudować kościółek. Na wzgórzu, natomiast miała się znajdować wokół kościoła prastara osada, zalążek późniejszego miasta. Faktem jest natomiast, że dzięki swemu oddaleniu od miasta kościółek uniknął pożarów i powodzi i dzięki temu przetrwał do naszych czasów zachowując swą prawie niezmienioną formę.
Jest to drewniana świątynia, kryta gontem. Świątynia posiadała jeszcze wokół drewniane soboty, które jednak w 1784 roku zostały rozebrane. Kościół składa się z kwadratowej nawy i kruchty oraz prostokątnego prezbiterium. Sklepienie jest pokryte dekoracją malarską, przedstawiającą kasetony ze złoconymi rozetami, oraz wizerunek św. Anny. Również ściany pokryte są scenami figuralnymi, które jedne od drugich oddzielają pilastry. Ostatnie badania wykazały istnienie pod XIX wiecznymi malunkami, wcześniejszej polichromii, datowanej na XVII wiek. W późnobarokowym ołtarzu głównym znajduje się obraz z 1516 przedstawiający Świętą Rodzinę a nad nim XV-wieczny obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Dwa ołtarze boczne pochodzą z końca XVII wieku. Znajdujące się tu organy i ambona, przejawiają cechy właściwe dla rokoka. Kościół odnowiono gruntownie w 1903 roku, ponowna rewaloryzacja miała miejsce w roku 1990. Prace konserwatorskie polegały między innymi na odnowieniu złoceń ambony, ołtarzy i chóru.