W kościele tym znajduje się również muzeum. Wśród wielu eksponatów możemy zobaczyć tam: różnorodne kielichy, krzyże procesyjne, relikwiarze, a także berło i koronę Izabeli Kastylijskiej oraz miecz Ferdynanda. W przykatedralnej kaplicy zobaczyć można groby Królów Katolickich, czyli Izabeli Kastylijskiej i Ferdynanda Aragońskiego oraz córki pary królewskiej Joanny Szalonej i ich zięcia Filipa I Pięknego z dynastii Habsburgów.