Budowa rozpoczęta na polecenie Królów Katolickich w 1496 r. Karol V wydał rozporządzenie żeby klasztor został poświęcony pamięci zmarłego wybitnego dowódcy wojsk hiszpańskich, wicekrólowi Neapolu Gonzalo Fernándezowi de Córdoba. Zwłoki księcia zostały złożone w tym klasztorze