Według Jana Długosza pierwszy murowany kościół w stylu romańskim został ufundowany przez biskupa krakowskiego Iwo Odrowąża w latach 1221-1222 na miejscu pierwotnej drewnianej świątyni. Wkrótce jednak budowlę zniszczono podczas najazdów tatarskich.
W latach 1290-1300 wzniesiono, częściowo na poprzednich fundamentach, wczesnogotycki kościół halowy, który konsekrowano około roku 1320-1321. Prace jednak kontynuowane były jeszcze w trzeciej dekadzie czternastego stulecia.
W latach 1355-1365, dzięki fundacji Mikołaja Wierzynka (mieszczanina krakowskiego i stolnika sandomierskiego), wzniesiono obecne prezbiterium.
Z kolei w latach 1392-1397 polecono mistrzowi Mikołajowi Wernerowi lepsze doświetlenie kościoła. Budowniczy obniżył mury naw bocznych, a w magistralnych wprowadził duże otwory okienne. W ten sposób halowy układ świątyni zmienił się na bazylikowy