Po zajęciu Białowieży przez niemiecką 3 Dywizję Pancerną, przekazano Białowieżę Rosjanom, którzy okupywali ją w latach 1939-1941 i wysiedlili wiele osób na Syberię. Po ataku Niemiec na Związek Radziecki, Białowieżę okupowali Niemcy. 322 batalion niemieckiej policji dokonał w Białowieży i w jej okolicach (m.in. w żwirowni) licznych mordów na miejscowej ludności. Białowieża i jej okolice były terenem wzmożonych działań partyzantki. W roku 1943 działała tu brygada partyzancka "W imię Ojczyzny", radzieckie oddziały partyzanckie i oddziały AK. Od końca 1944 i w 1945 r. w rejonie Puszczy Białowieskiej operował oddział mjr. Zygmunta Szendzielarza "Łupaszki