Podczas okupacji niemieckiej cmentarz wraz z ogrodzeniem systematycznie niszczono.
Wycięto starodrzew a płyty nagrobne posłużyły do wyłożenia dróg i lotnisk.
Powojenne władze postanowiły kirkut zlikwidować i urządzić w jego miejscu park leśny.
W latach 1946-1947, wyrwane z ziemi nagrobki zrzucano na sterty na wzniesieniu w środkowej części cmentarza.
Część z nich powywożono jako materiał budowlany w różne części Warszawy a teren obsadzono drzewami.