Zamek po raz pierwszy wzmiankowany jest jako Peskenstein w dokumencie wydanym w 1315 r. przez Władysława Łokietka. W I poł. XIV w. Kazimierz III Wielki wybudował tu zamek, element łańcucha obronnych Orlich Gniazd, składający się z dwóch części: górnej i dolnej. Górna, niezachowana, wzniesiona była na niedostępnej skale zwanej \"Dorotką\".
W latach 1377-1608 zamek był siedzibą rodu Szafrańców – niektórzy z nich wykorzystywali go jako punkt wypadowy do napadów na kupców przejeżdżających biegnącym przez Dolinę Prądnika traktem łączącym Kraków ze Śląskiem. W 1484 r. Krzysztof Szafraniec, prawnuk pierwszego właściciela, został za to ścięty na Wawelu.
W latach 1542-1580 gotycki zamek przekształcono w renesansową rezydencję. W XVII w., za czasów Michała Zebrzydowskiego dobudowano system fortyfikacji bastionowych. W czasie potopu szwedzkiego (1655 r.) zamek został zniszczony, zaś w 1718 r. uległ pożarowi. Odbudowano go jako siedzibę rodu Wielopolskich w 1768 r. W 1787 r. gościł w swych murach króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. W wyniku kolejnego pożaru (1850 r.) zniszczeniu uległa najstarsza jego część, tj. wysoki zamek.
W Królestwie Polskim istniała gmina Pieskowa Skała.