Jezioro Czorsztyńskie, oprócz walorów turystycznych i krajobrazowych, pełni także kilka innych funkcji. Jedną z najważniejszych jest ochrona przeciwpowodziowa doliny Dunajca. Zbiornik gromadzi nadmiar wody płynącej rzeką i tym samym chroni przed zalaniem niżej położone tereny. Według krytyków zapory, jej rola w ochronie przeciwpowodziowej jest jednak zbytnio przeceniana, choć jej udział w ograniczeniu skutków powodzi stulecia w lipcu 1997 był ogromny.
Drugą, najważniejszą funkcją tamy, jest produkcja energii elektrycznej. W zaporze zbudowano elektrownię szczytowo-pompową, która rocznie produkuje 140 GWh energii elektrycznej. Elektrownia Wodna Niedzica jest wyposażona w dwie turbiny, które podczas pracy generują moc na poziomie 92 MW (łącznie). Elektrownie tego typu mogą pracować w dwojaki sposób.