Wpływ kormoranów na czystość wód jest kwestią mocno kontrowersyjną. Część badaczy twierdzi, iż jest to wpływ jednoznacznie negatywny – kolonie kormoranów mają powodować szybko postępującą eutrofizację zbiorników wodnych w pobliżu aktywnej kolonii. Inni naukowcy twierdzą, że kormorany mają pozytywny wpływ na jakość wody w jeziorach: ptaki usuwają drobne ryby, żywiące się dużymi gatunkami wioślarek, co prowadzi do zmniejszenia zakwitów i poprawy jakości wody.https://www.wigry.org.pl/kwartalnik/nr32_odlatuja.htm