Mimo tego, że skojarzenie nazwy schroniska jest jednoznaczne, jego geneza nie ma jednak wiele wspólnego z sympatycznym Kubusiem Puchatkiem. Jak tłumaczył Lutek Pińczuk, nazwa schroniska wzięła się od wypowiedzi polskiego żeglarza – Leonida Teligi. Napisał on w jednym z reportaży, że „czuje się na swojej łajbie zagubionej na bezmiarze oceanu, jak ta samotna Chatka Puchatka na Połoninie Wetlińskiej”. Gospodarzowi schroniska, nazwa ta przypadła do gustu, a dziś jest świetnym wabikiem dla najmłodszych, którzy chętnie odwiedzają „siedzibę bajkowego misia”.