Najwyżej położone jezioro Chuzenij

Wczesną jesienią wciąż upalne i słoneczne dni zakłócają jednak wiatry monsunowe, które zwłaszcza w połowie września przynoszą ze sobą niezwykle obfite ulewy. Towarzyszą temu częste burze i gradobicia. Zmienia się cyrkulacja powietrza i Wyspy Japońskie nawiedzają tajfuny (7–10-rocznie). Tajfuny powstają z dużych mas tropikalnego, niskociśnieniowego powietrza na środkowym Pacyfiku, w przybliżeniu pomiędzy 5. i 20. stopniem szerokości geograficznej północnej, i są tym samym zjawiskiem, co huragany i cyklony w innych częściach świata. Kiedy tajfuny zaczynają się kształtować, stopniowo poruszają się na północ i zachód. Cyklony tropikalne wywołują ogromne zniszczenia, a towarzyszące im obfite opady są przyczyną licznych powodzi i osuwisk. Późną jesienią w niemal całym kraju powietrze staje się rześkie i wilgotne. Na większości wysp, zwłaszcza w obszarach u wybrzeży Pacyfiku dni są chłodne, ale zwykle słoneczne. Natomiast w zachodniej i północnej Japonii oraz w obszarach górskich, nie dziwią gęste mgły, opady drobnego deszczu i przymrozki.