Twierdza Wisłoujście to niezwykły zabytek sztuki fortyfikacyjnej. Jej nazwa wywodzi się z czasów, gdy ujście Wisły znajdowało się bezpośrednio na północ od Twierdzy. Miejsce to stanowiło ważny z punktu widzenia strategicznego teren, skąd można było kontrolować ruch statków wychodzących i wchodzących do portu w Gdańsku. Strategiczne znaczenie tego miejsca doceniono bardzo wcześnie. Nie jest wykluczone, że już za panowania książąt pomorskich znajdowała się tu strażnica.
Pierwsze pisane wzmianki o istnieniu strażnicy na miejscu dzisiejszej Twierdzy pochodzą jednak dopiero z połowy XIV wieku. Była to budowla drewniana, nic też dziwnego, że ulegała często zniszczeniu. Pierwsza stała budowla fortyfikacyjna powstała tu już po wyswobodzeniu się Gdańska spod panowania krzyżackiego (1308-1454).
W roku 1482 wzniesiona została murowana cylindryczna wieża, służąca do celów obronnych oraz jako latarnia morska. Na jej szczycie nocą rozpalano ogień wskazujący statkom drogę do portu. Sama wieża nie stanowiła dostatecznej obrony, toteż w okresie wojny polsko-krzyżackiej w latach 1518-21 wzniesiono wokół latarni drewniane umocnienia. Wokół tego rdzenia w ciągu następnych dziesiątków lat narastały poszczególne obiekty obronne, które złożyły się na całość fortyfikacji Wisłoujścia.
Wiek XVI, a zwłaszcza jego koniec, jest okresem szybkiego rozwoju broni palnej, wzrostu siły burzącej dział, a co za tym idzie, modernizacji fortyfikacji i powstawania nowych systemów obronnych. W Gdańsku stosunkowo wcześnie zdano sobie sprawę z konieczności przedsięwzięcia tych kosztownych lecz niezbędnych dla bezpieczeństwa miasta prac.
W latach osiemdziesiątych XVI wieku wokół wieńca na miejscu drewnianych umocnień wzniesiono czterobastionowy Fort Carré skonstruowany w myśl zasad fortyfikacji nowowłoskich. Bastiony fortu posiadały kazamaty i działobitnie, z których można było prowadzić ogień wzdłuż murów. Ściany bastionów wykonano z cegły, a naroża wzmocniono ciosami kamiennymi. Ostrzał przedpola prowadzono z dział umieszczonych na bastionach. W kazamatach widnieją daty 1586 i 1587 wskazujące na czas ukończenia poszczególnych obiektów fortyfikacyjnych.
Fort Carré otaczała nawodniona fosa, poprzez którą prowadził wjazd do wnętrza umieszczony w murze kurtynowym pomiędzy bastionami i zabezpieczony bramą oraz mostem zwodzonym. Tunel bramy poprowadzono skośnie w stosunku do osi wjazdu, aby zabezpieczyć wnętrze fortu przed ewentualnym rażeniem pociskami. Data 1602, widniejąca na portalu wejściowym fortu, odnosi się do prac końcowych prowadzonych w forcie.
Dla osłonięcia fortu przed bezpośrednim atakiem, wzniesiono według wskazówek włoskiego rzeczoznawcy Hieronima Ferrero w latach 1624-26 tzw. Szaniec Wschodni. Składał się on z 5 bastionów ziemnych poprzedzonych fosą. Analogiczny Szaniec Zachodni znajdował się na drugim brzegu Wisły, naprzeciwko Twierdzy. Umocnienia obu szańców były stale rozbudowywane i uzupełniane w XVIII wieku.
Na lata 1657-58 przypada połączenie w jednolity system obronny fortyfikacji Twierdzy i systemu obronnego miasta. W okresie pruskim i wojen napoleońskich (1793-1914) umocnienia Twierdzy ulegały dalszej modernizacji.
Po I wojnie światowej Twierdza utraciła znaczenie militarne. W okresie międzywojennym pełniła funkcję bazy klubów żeglarskich. W 1945 roku została niemal doszczętnie zniszczona.
Od 1974 r. Twierdza Wisłoujście jest w zarządzie Muzeum Gdańska. Od tego czasu trwają prace ratownicze oraz badania archeologiczne, historyczne i konserwatorskie. Z tego powodu Twierdza dopuszczona jest do zwiedzania jedynie warunkowo. Mimo to, uwzględniając wszelkie niedogodności, warto zobaczyć unikalny zabytek sztuki fortyfikacyjnej, gdzie wciąż czytelne są wszystkie warstwy konserwatorskie dokumentujące jej niezwykłą historię.