Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 świątynia została przejęta przez augustianów. W 1812 armia francuska zniszczyła wnętrze i zamieniła kościół na magazyn zboża, a następnie na więzienie dla jeńców rosyjskich, co przyczyniło się do jeszcze większej dewastacji wnętrza. W ramach represji carskich po powstaniu listopadowym kościół został skonfiskowany katolikom, a po powstaniu styczniowym z rozkazu generał-gubernatora M. Murawiowa, architekt rosyjski Mikołaj Czagin przebudował go na cerkiew, znacznie zniekształcając jego architekturę oraz skuwając rokokowe ozdoby. W 1917 świątynia powróciła do katolików, w 1925 podczas remontu usunięto znaczną część zniszczeń.

Po II wojnie światowej został ponownie skonfiskowany, tym razem przez władze radzieckie. W 1966 przeprowadzono remont obiektu, który miał jednocześnie zatrzeć ślady polskości (np. poprzez skuwanie inskrypcji) i urządzono w nim muzeum ateizmu z posągiem Lenina w miejsce głównego ołtarza. W październiku 1988 kościół został zwrócony katolikom, w 1990 przejęli go jezuici przywracając go w 1991 do użytku sakralnego.

dodane na fotoforum:

• wnętrza