Po 1945 kościół został ponowie zamknięty przez władze komunistyczne. Pełnił on razem z klasztorem rozmaite funkcje, m.in. magazynowe i ulegał przez dziesięciolecia daleko idącej degradacji. Ołtarz główny oraz liczne dzieła sztuki sakralnej przekazano do innych kościołów. W kaplicy cmentarnej natomiast ulokowano sklep z pamiątkami.
W 1990 po upadku ZSRR i odzyskaniu przez Litwę niepodległości rozpoczęto remont zniszczonego kościoła, odsłaniając przy okazji najstarsze, gotyckie elementy jego budowy, m.in. ostrołukowe okna. Podobnych odsłon dokonano także przy okazji remontu klasztoru.