22 czerwca 1941 roku w czasie bombardowania miasta przez Niemców, bomba, która spadła na kościół przebiła sklepienie oraz posadzkę i wpadła do podziemi. Schroniło się tam wiele ludzi, m.in. ks. dr Wacław Siekierko, który wówczas zginął. Był on prefektem szkół średnich w Wilnie i obrońcą węzła małżeńskiego w Sądzie Arcybiskupim. Po wojnie kościół uniknął tragicznego losu wielu innych świątyń katolickich w Wilnie i przetrwał do czasów współczesnych, mimo że poważniejsze prace restauratorskie przeprowadzono dopiero w 1975 r. Obecnie służy wiernym jako kościół lokalnej parafii pw. św. Rafała. Msze święte są w nim odprawiane w językach polskim i litewskim.