W 1825 roku kościół został zamieniony na sobór św. Aleksandra Newskiego. Usunięto ołtarze boczne, a główny zasłonięto ikonostasem. W czasach sowieckich w świątyni urządzono salę gimnastyczną, a w krypcie saunę. Na poddaszu była strzelnica.

Jezuici odzyskali swoje dawne budynki na początku lat 90-tych XX wieku. Kościół pełni obecnie funkcje sakralne.