Najstarsze zachowane obecnie fragmenty pochodzą z XIII w. Odbudowany w latach 1255-59 kościół wzniesiono z cegły, ponownie w stylu romańskim. Był jednonawowy, z prostokątnym prezbiterium. Według tradycji ponownie zniszczony przez Tatarów w 1260 i 1287.

Zachowane do dzisiaj mury i baszty pochodzą z czasów Władysława Jagiełły. Miały one charakter obronny, klasztor położony był wówczas poza bramami miasta. Kościół uległ pożarowi w 1527 i 1587 (w czasie oblężenia Krakowa przez wojska arcyksięcia Maksymiliana Habsburga). Obecny wygląd kościoła pochodzi z czasu jego wielkiej przebudowy, jaka miała miejsce w latach 1596-1626, kiedy konwentem rządziła ksieni Dorota Kątska. W niewielkim stopniu został zniszczony podczas potopu szwedzkiego. Kościół został kilkakrotnie dotknięty przez wylewy Wisły (1527, 1736, 1813).