W obrębie Skałek Twardowskiego znajdują się jaskinie, najbardziej znane to: Jaskinia Twardowskiego od strony południowej i Jaskinia Jasna od strony Wisły.

Jak głosi legenda, wśród okolicznych urwisk mistrz Twardowski prowadził szkołę magii i czarnoksięstwa. Pewnego dnia, w wyniku eksplozji laboratorium, powstały skałki, które otrzymały jego imię. W rzeczywistości skałki te zaczęto łączyć z postacią Twardowskiego dopiero pod koniec XIX w., jako że w istocie Twardowski działał na terenie innych skałek – Krzemionek Podgórskich na Podgórzu i tam też była jego pracownia.