W czasie drugiej wojny światowej synagoga była wykorzystywana jako stajnie i budynek gospodarczy.
Po wojnie pod władzą komunistyczną Wielka Synagoga w Budapeszcie na powrót odzyskała funkcję sakralną i służyła społeczności żydowskiej jako dom modlitw. Kapitalna renowacja świątyni zaczęła się długo po wojnie, bo dopiero w 1991 roku i zakończyła się w 1998.