Budowę rozpoczęto w 1668 roku, po poświęceniu kamienia węgielnego (przywiezionego z Krakowa) przez biskupa wileńskiego Aleksandra Kazimierza Sapiehę. Kościół został zbudowany według projektu krakowskiego architekta Jana Zaora, jednak kierował on pracami do roku 1672, kiedy zastąpił go najprawdopodobniej Giovanni Battista Frediani.