W czasach nowożytnych, przy zaognionej sytuacji i sporach o zwierzchność nad terytorium Hospodarstwa Mołdawskiego, zamek chocimski był świadkiem licznych zmagań na tym terenie. Między innymi, w 1538 roku zdobył go pacyfikując mołdawskiego hospodara Piotra Raresza hetman koronny Jan Tarnowski. W 1563 na czele Kozaków twierdzę na krótko zajął Dymitr Wiśniowiecki. Najciekawszymi wydarzeniami są jednak bitwy z 1621 i 1673 roku, a historia tej pierwszej jest szczegółowo przedstawiona na terenie muzeum zamkowego.