W latach 1961-1990 znajdujący się na terytorium NRD dworzec stanowił kolejowe przejście graniczne między Berlinem Wschodnim a Zachodnim. 13 sierpnia 1961 wraz z wzniesieniem Muru Berlińskiego podzielono dworzec na kilka oddzielonych od siebie części:

Podziemne perony metra i S-Bahn stanowiły przystanek przesiadkowy między eksterytorialnymi zachodnioberlińskimi liniami. Znajdowały się na nich kioski Intershop (odpowiednik polskiego Peweksu), miały też połączenie z przejściem granicznym.
Perony nadziemne zostały rozdzielone stalową ścianą dzielącą halę między peronami B i C, odpowiadającą funkcjonalnie murowi berlińskiemu.
Większa, południowa część dworca, stanowiła stronę zachodnią – peron B był stacją końcową zachodnioberlińskiej linii S-Bahn, połączenie torowe na wschód zlikwidowano. Peron A stanowił stację kontrolną dla pociągów międzynarodowych w obu kierunkach.
Peron C w północnej części dworca stanowił stację końcową wschodnioberlińskich linii S-Bahn. Tory wybiegające na zachód były zabarykadowane, zaś hala obserwowana przez funkcjonariuszy straży granicznej i służb specjalnych. Ze względu na centralne położenie na tym peronie panował duży ruch pasażerski.
Pomieszczenia pod estakadą (na poziomie terenu) mieściły placówkę straży granicznej z poczekalniami, aresztem i kantorem obowiązkowej wymiany walut.