Pierwotnie budowla wznosiła się pośrodku koryta Tagu. W wyniku wielkiego trzęsienia ziemi z 1755 r. rzeka zmieniła nieco swoje koryto i obecnie wieża znajduje się tuż przy jej prawym brzegu. W 1833 r. przez dwa miesiące był tu więziony generał Józef Bem, twórca Legionu Polskiego w Portugalii.

W 1907 r. wieża została uznana za zabytek narodowy Portugalii. W 1983 r. Torre de Belém wpisano na Listę światowego dziedzictwa UNESCO. W roku 2007 wieża została wybrana jednym z Siedmiu Cudów Portugalii.