1 listopada 1755 roku ogromne trzęsienie ziemi o sile około 9 stopni w skali Richtera zniszczyło większość kompleksu. Znajdująca się w nim biblioteka wraz z 5000 woluminów zostały bezpowrotnie utracone. Po katastrofie został przebudowany i ostatecznie stał się siedzibą wojsk. Niektóre prace remontowe Klasztoru przeprowadzone w 1785 roku, prace zostały zawieszone w 1834. Kościół natomiast nigdy nie został w pełni odbudowany.
W 1864 roku, po wielu sporach, Stowarzyszenie Portugalskich Archeologów zmieniło zrujnowany budynek w muzeum.