Około roku 580 św. Kolumban Starszy w trakcie podróży do Inverness ochrzcił mieszkańców domostwa położonego w miejscu, gdzie później zbudowany został zamek Urquhart. W czasie I wojny o niepodległość Szkocji zamek został zdobyty przez wojska angielskie króla Edwarda I. W latach 1689–1690 zamek oblegali jakobici.
W 1692 główna brama zamku została wysadzona w powietrze pozbawiając zamek wartości obronnej. Podczas burzy w lutym 1715 roku runęła 5-kondygnacyjna wieża zamkowa. Od tego czasu zamek zaczął popadać w ruinę.