W czasach Jana Sobieskiego Czerniowce znalazły się na jakiś czas w granicach Rzeczypospolitej. Ostatecznie jednak w XVI wieku miasto dostało się wraz z całą Mołdawią pod zwierzchnictwo Turcji. Wiek później miasto zasiedlone zostało przez rodziny żydowskie, a także pojawili się tu pierwsi kupcy tureccy. W 1769 roku Czerniowce zajęli Rosjanie, a w niespełna 6 lat później miasto zostało przyłączone do Austrii. To właśnie w czasie ich panowania niepozorne miasteczko przekształcone zostało w znaczący ośrodek handlowy, który czerpał korzyści z korzystnego położenia przy ważnym szlaku handlowym wiodącym z północno-zachodniej Europy na Bałkany i do Turcji. Niespełna wiek później miasto podniesione zostało do rangi stolicy Bukowiny. W czasie I wojny światowej Czerniowce zajęte zostały przez Rosjan, a w latach 1918-1944 miasto należało do Rumunii.