Jest patronem jezuitów, Pragi, spowiedników, szczerej spowiedzi, dobrej sławy i tonących oraz orędownikiem podczas powodzi. Jest także patronem mostów.
Według tradycji ludowej był świętym, który chronił pola i zasiewy przed powodzią, ale również i suszą. Dlatego figury Jana Nepomucena (nepomuki) można spotkać jeszcze dzisiaj przy drogach w sąsiedztwie mostów, rzek, ale również na placach publicznych i kościelnych oraz na skrzyżowaniach dróg.