Choć większość zwierzęcych mieszkańców ogrodu poniosła śmierć, nie oznacza to, że na terenie ZOO nic się nie działo. Wprost przeciwnie, działy się tu rzeczy niezwykłej wagi. Jan Żabiński, był czynnym działaczem konspiracyjnym, prowadził na terenie ogrodu skład materiałów wybuchowych. Ponadto, wraz z żoną Antoniną, ukrywali w swoim domu zbiegłych z getta Żydów. Kilku zresztą dyrektor Żabiński osobiście przeprowadził na aryjską stronę. Większość z tych, którzy znaleźli schronienie w willi Żabińskich przetrwała wojnę.
W roku 1940 na terenie ZOO uruchomiono dla potrzeb miejscowej ludności tuczarnię świń, a następnie, po jej likwidacji spowodowanej epidemią czerwonki – ogródki działkowe. W pierwszych dniach Powstania Warszawskiego, walczący w oddziałach AK dyrektor Żabiński został ranny. Po upadku powstania wywieziono go do obozu jenieckiego w III Rzeszy. Pani Antonina zmuszona była do opuszczenia Ogrodu. Zaraz po zakończeniu działań wojennych powróciła do stolicy i decyzją Magistratu Warszawy rozpoczęła wraz z mgr Janem Landowskim (późniejszym dyrektorem) prace mające na celu zabezpieczenie majątku ZOO.
baha68 2011-08-17
Dzień minął szczęśliwie
w słonecznym uśmiechu
wieczorem do domu,
wróciłam w pośpiechu.
Lecz jeszcze Dobranoc
Ci szepnę cichutko,
bo już noc z gwiazdami
zbliża się wolniutko .