Muszyna położona jest w dolinie rzeki Poprad i dwóch jej dopływów: potoków Szczawnik i Muszynka, na wysokości około 450 m n.p.m. Leży przy granicy ze Słowacją (ok. 5 km) oraz w odległości około 11 km od Krynicy-Zdroju. W okolicach miasta znajduje się Popradzki Park Krajobrazowy – jeden z największych w Polsce.