Wyściółka z płatków kory, szczególnie sosny (latać w tym celu może nawet kilkaset metrów od gniazda), mchu lub z suchej trawy i liści. Gliną kowalik wygładza też nierówności dziupli. Zazwyczaj zajmuje tę samą dziuplę przez kilka sezonów. Ale kowalik zamurowuje także wszelkie szczeliny, a nawet nierówności wewnątrz dziupli lub budki. I chociaż murowanie to typowo męskie zajęcie, to u kowalików czynność tę wykonuje samica. Kowalik zupełnie inaczej niż inne ptaki wyposaża swoje gniazdo. O ile większość ptaków tworzy je z patyczków, a wnętrze wyściela trawą oraz puchem, o tyle kowalik buduje gniazdo wyłącznie z… łusek szyszek sosnowych.