Po zniszczeniach z 2. połowy XVII i początku XVIII w. kościół został odnowiony przez Jana Krzysztofa Glaubitza, najsłynniejszego architekta tzw. baroku wileńskiego. Jezuita Tomasz Żebrowski w XVIII wieku wzniósł monumentalną kopułę z wysoką latarnią, zwieńczoną mitrą wielkoksiążęcą.
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. świątynia została przejęta przez augustianów. W 1812 armia francuska zniszczyła wnętrze i zamieniła kościół na magazyn zboża, a następnie więzienie dla jeńców rosyjskich, co przyczyniło się do jeszcze większej dewastacji wnętrza. W ramach represji carskich po powstaniu listopadowym kościół został skonfiskowany katolikom, a po powstaniu styczniowym z rozkazu generał-gubernatora M. Murawiowa, architekt rosyjski Mikołaj Czagin przebudował go na cerkiew, znacznie zniekształcając jego architekturę oraz skuwając rokokowe ozdoby. W 1917 świątynia powróciła do katolików, w 1925 podczas remontu usunięto znaczną część zniszczeń. Po II wojnie światowej został ponownie skonfiskowany, tym razem przez władze radzieckie, w 1966 przeprowadzono remont obiektu, który miał jednocześnie zatrzeć ślady polskości (np. poprzez skuwanie inskrypcji) i urządzono w nim muzeum ateizmu z posągiem Lenina w miejsce głównego ołtarza. W 1988 r., po odzyskaniu niepodległości przez Litwę, został ponownie przejęty przez jezuitów i w 1991 r. przywrócony do użytku sakralnego.
Najcenniejszymi zabytkami zachowanymi we wnętrzu świątyni są trzy późnobarokowe ołtarze wykonane w latach 1749–1755 przez Tomasza Żebrowskiego (ołtarz główny oraz dwa boczne zamykające transept).
Przy kościele znajduje się klasztor jezuitów wzniesiony w latach 1604-1615, mieszczący dawniej kolegium jezuickie, bibliotekę oraz szpital.
dodane na fotoforum: