Uczelnia powstała w 1579, kiedy król Stefan Batory przeznaczył środki na przekształcenie Kolegium Jezuitów w Wilnie w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego (łac. Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). W tym samym roku ustanowienie tej uczelni oficjalnie zaaprobował papież Grzegorz XIII. Oficjalnym językiem wykładowym tej uczelni była łacina, zaś wykładowcami byli uczeni pochodzących z różnych części Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Początkowo miała wydziały filozoficzny, teologiczny i prawniczy.
Uczelnia bardzo długo stanowiła jedyną wyższą szkołę na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego. Do najbardziej znanych uczonych związanych z jezuickim okresem uczelni należą m.in. Maciej Kazimierz Sarbiewski, SI – poeta piszący po łacinie i polsku, Wojciech Wijuk Kojałowicz – który jest autorem pierwszej, pełnej historii Litwy, Marcin Śmiglecki – autor popularnego w całej Europie podręcznika logiki. Akademia Wileńska stała się ważnym ośrodkiem kontrreformacji w Wielkim Księstwie Litewskim. Jej profesorami byli m.in. Piotr Skarga, który był jej pierwszym rektorem, Jakub Wujek, Marcin Laterna i Mikołaj Łęczycki. W XVIII wieku na uczelni tej opracowano zasady gramatyki i ortografii jęz. litewskiego i rozpoczęto wydawanie pierwszych książek po litewsku. W 1753 r. otwarto obserwatorium astronomiczne i utworzono przy nim wydział fizyki i astronomii.
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. Akademia została przejęta i zreformowana na uczelnię świecką przez Komisję Edukacji Narodowej; otrzymała wówczas nazwą "Szkoły Głównej Litewskiej" (analogicznie Uniwersytet Jagielloński został "Szkołą Główną Koronną"); podporządkowano jej szkoły wojewódzkie.
Jednym z elementów reformy było rozpoczęcie wykładania po polsku i litewsku na niektórych wydziałach (literatury i historii Polski i Litwy, nauk przyrodniczych i matematycznych). W okresie tym uczelnia nadal posiadała, oficjalnie tradycyjną, łacińską nazwę ""Academia et Universitas Vilnensis" – z której usunięto tylko słowa "Societatis Jesu". Zaczęto ją jednak coraz częściej nazywać w tym okresie Uniwersytetem, a nie Akademią. W okresie od reformy Komisji Edukacji Narodowej do rozbiorów Rzeczypospolitej, uczelnia ta przeżyła krótki okres ponownego rozkwitu. Posiadała ona m.in. najlepszy w Rzeczypospolitej wydział medyczny założony przez sprowadzonego z Wiednia Johanna Petera Franka.
dodane na fotoforum: