W 1652 roku z nadania króla Jana Kazimierza jezuici otrzymali na siedzibę Domek Dzwonnika i objęli kościół NMP i kaplicę św. Anny na Zamku Wysokim. Zakonnicy wyremontowali kościół do 1667 roku i wyposażyli w nowe ołtarze, ambonę, prospekt organowy. W okresie „Potopu szwedzkiego” zamek został oblężony 12 lutego 1656 roku przez oddziały Gustawa Ottona Stenbocka i mimo obrony przez polskie oddziały wojewody Ludwika Wejhera, a po jego śmierci przez Jakuba Wejhera, po miesiącu skapitulował w dniu 9 marca[11]. Aż do Pokoju w Oliwie w 1660 roku, mimo prób odzyskania warowni, był okupowany przez Szwedów, którzy uszkodzili Zamek Wysoki. W 1666 roku uruchomiono ponownie mennicę, w której wybijano miedziane szelągi dla Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1680 roku jezuici uruchomili trójklasową szkołę średnią działającą w Domu Ogrodnika obok furty prowadzącej z zamku do miasta. W latach 1687–1696 dzięki dotacji Kazimierza Ludwika Bielińskiego kościół NMP otrzymał ołtarz główny św. Ignacego. W 1691 roku wyremontowano dachy nad Pałacem. W 1708 roku przez cztery miesiące na zamku przebywał król Stanisław Leszczyński.

Od 1737 roku na Zamku Wysokim mieściły się koszary polskiego regimentu piechoty i wyremontowano dawne fortyfikacje. W 1756 roku na wieży zamontowano barokowy hełm z inicjatywy ekonoma Michała Rexina. Za panowania króla Augusta II na wieży zbudowano nowe zwieńczenie z latarnią oraz położono nowe dachy na Zamku Wysokim. Pomiędzy latami 1742–1767 na miejscu nieistniejącej już wtedy Wieży Kleszej (między kościołem zamkowym a Zamkiem Średnim), zbudowano dwupiętrowy barokowy gmach kolegium jezuitów. Po I rozbiorze Polski, w dniu 12 września 1772 roku zamek opuścili polscy żołnierze z 1. Regimentu Pieszego Koronnego imienia Królowej Jadwigi pod dowództwem Stanisława Augusta Golcza[12], a dzień później zamek zajęli Prusacy. W 1780 roku zamek opuścili dwaj ostatni jezuici.

Wielki Refektarz i inne ważniejsze pomieszczenia zamku w Malborku wyposażone były w piece, umieszczone pod posadzkami, mające na celu ich ogrzewanie.