Począwszy od 1939 r., na zwierzynieckim kirkucie oraz w pobliskim lesie boreckim odbywały się egzekucje. We wrześniu 1942 r. do obozu zagłady w Bełżcu skierowano pierwszy, liczący ok. 52 osoby transport Żydów ze Zwierzyńca i Rudki, a także z okolicznych miejscowości. 21 października 1942 r. rozpoczęła się masowa eksterminacja miejscowej ludności żydowskiej ze Zwierzyńca. Część osób została zastrzelona na miejscu, pozostałych przepędzono do stacji kolejowej w Szczebrzeszynie, skąd, wraz z Żydami szczebrzeskimi, zostali wysłani do niemieckiego nazistowskiego ośrodka zagłady w Bełżcu.