Kościół Św. Braci Męczenników był ostatnią świątynią, w której modlił się ks. Jerzy Popiełuszko przed zamordowaniem go przez oficerów SB. Zaproszony przez Duszpasterstwo Ludzi Pracy, przybył do Bydgoszczy 19 października 1984 r. O godz. 18.00 sprawował swoją ostatnią mszę św., prowadził rozważania i odmawiał różaniec. Jego ostatnie słowa podczas rozważań brzmiały: "Módlmy się abyśmy byli wolni od lęku i zastraszenia, ale przede wszystkim od żądzy odwetu i przemocy". Około godziny 20 wieczorem udał się wraz z kierowcą Waldemarem Chrostowskim w drogę powrotną do Warszawy. Na drodze między Bydgoszczą, a Toruniem trzej oficerowie Służby Bezpieczeństwa: Grzegorz Piotrowski, Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski zatrzymali samochód księdza i po kilkukrotnym pobiciu na trasie, już zabitego zrzucili z tamy włocławskiej do rzeki Wisły. Wiadomość o mordzie wstrząsnęła głęboko opinią publiczną w kraju i na świecie.