Kościół znajduje się przy ul. Bołtucia, na granicy osiedla Bohaterów i Przylesia w bydgoskiej dzielnicy Fordon. Zbudowano go tuż przy drodze prowadzącej do Doliny Śmierci – miejsca kaźni ok. 1,2 tys. osób (w tym 400 Żydów), ofiar hitlerowskiego terroru, głównie inteligencji z Bydgoszczy i okolic. Od strony północnej do świątyni przylega bogate krajobrazowo Zbocze Fordońskie, w którym wytyczono szlak turystyczny im. ks. Z. Trybowskiego – pierwszego proboszcza i budowniczego kościoła i parafii.